1. Lãnh đạo Cục:
Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định.
Cục trưởng điều hành hoạt động của Cục, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Cục.
Phó Cục trưởng giúp Cục trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Cục trưởng và chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về nhiệm vụ được phân công.
2. Bộ máy quản lý:
a) Phòng Quản lý chất lượng thực phẩm thuỷ sản (Phòng Chất lượng 1);
b) Phòng Quản lý chất lượng thực phẩm nông lâm sản và muối (Phòng Chất lượng 2);
c) Phòng Quản lý chất lượng sản phẩm nông lâm thuỷ sản phi thực phẩm (Phòng Chất lượng 3);
d) Phòng Quản lý Kiểm nghiệm;
đ) Phòng Kế hoạch, Tổng hợp;
e) Phòng Tài chính;
g) Thanh tra Cục;
h) Văn phòng Cục.
3. Cơ quan, đơn vị trực thuộc:
a) Các cơ quan quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản;
b) Đơn vị sự nghiệp